理論上生產預灌封注射器時不可能做到無氣泡，因為即使在最低的真空下也仍然會有一些空氣分子留在注射器內。如果使用最佳的工藝條件，則可能會使氣泡小到肉眼看不到的地步。殘存氣泡的大小主要取決于操作時注射器內的真空度和灌裝液位。溶解的氣體量是可以忽略的，舉例來說，采用傳統的真空壓塞方式：在一支1ml （長）的注射器內灌裝0.75ml的水性產品，并在 100mbar的壓力下壓塞，則會產生直徑為 2mm 的氣泡（基于1000mbar的壓力）。 由于氣體在預灌封注射器產品中溶解，氣泡的體積可以減少大約10%。

5ml預灌封注射器

一般來說，低真空、小摩擦、高灌裝液位、高氣體溶解性以及推桿的使用都會使注射器內的殘存氣體空間縮小。 如此看來，似乎使用高真空的真空壓塞方式（如1mbar或2mbar）就可以解決殘留氣泡問題，但問題遠沒有那么簡單。因為壓力降低同時會降低液體的沸點，這一點很重要。10mbar下水的沸點為9℃，產品沸騰是非常危險的，因為這會增加壓塞裝置被污染的機會，而且產品也可能會噴濺到注射器與膠塞的外緣。這表明低壓下產品的沸點就是操作真空的限度，醇類產品的情況則更糟糕，一般來說注射器內的壓力須明顯高于產品的蒸汽壓。

一些高粘度產品（如透明質酸）則允許更低的壓力，這樣最終殘存的空氣量也會縮小。上世紀90年代初已經可以做到無氣泡處理了。在一些特殊的場合，如懸浮液或乳液的疫苗，他們在使用前需要進行混合，因為這些產品在儲存過程中會出現分層現象，而氣泡的存在有利于改善通過晃動產品而達到產品混合的效果。另外，保留一定的殘存氣體也有利于熱滅菌、適應航空運輸時的壓力和溫度變化。