消毒劑的種類有多種，常用的獸用消毒藥主要是：酚、醛、醇、酸、堿、氯制劑、碘制劑、重金屬鹽類、表面活性劑等類型獸用消毒劑。

酚類 這類獸用消毒劑能使病原微生物的蛋白變性、沉淀而起殺菌作用，能殺死一般細菌。復合酚能殺滅芽胞、x和真菌。主要有苯酚、復合酚、煤酚等。

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醛類 醛類的殺菌作用也是較強的，其中以甲醛的效果較好，也常用。隨著生產技術的進步和養殖業的需求，戊二醛、鄰苯二甲醛等高效獸用消毒劑也被廣泛應用。

酸類 酸類獸用消毒劑的殺菌原理是高濃度的氫離子能使菌體蛋白變性和水解，而低濃度的氫離子可以改變細菌體表蛋白兩性物質的離解度，抑制細胞膜的通透性，影響細菌的吸收、排泄、代謝和生長。氫離子還可與其它陽離子在菌體表面競爭性吸附，妨礙細菌的正常活動。

堿類 用于畜禽消毒的堿類消毒藥主要有苛性鈉、苛性鉀、石灰、草木灰、蘇打等。堿類消毒作用的機理是陰性氫氧根離子能水解蛋白質和核酸，使細菌酶系統和細胞結構受損害，同時堿還能抑制細菌的正常代謝機能，分解菌體中的糖類，使菌體復活。它對x有強大的殺滅作用，可用于許多x性傳染病的消毒，高濃度堿液亦可殺滅芽胞。堿類消毒劑常用于畜禽飼養過程中場區及圈舍地面、污染設備(防腐)及各種物品以及含有病原體的排泄物、廢棄物的消毒。

醇類 醇類主要用于皮膚、器械以及注射針頭、體溫計等的消毒，如：75%的酒精。

表面活性劑類 這類消毒藥又稱除污劑或清潔劑，可降低菌體的表面張力，有利于油的乳化而除去油污，產生一定的清潔作用。另外，表面活性劑還能吸附于細菌表面，改變菌體細胞膜的通透性，使菌體內的酶、輔酶和中間代謝產物選出，阻礙了細菌的呼吸和糖酵解的過程，使菌體蛋白變性，而出現殺菌作用。常用的有新潔爾滅、洗必泰、杜米芬等。

氧化劑類 這是一類含不穩定的結合態氧的化合物，遇到有機物或酶即可放出初生態氧，而后破壞菌體的活性基因，發揮消毒作用。常用的氧化劑消毒劑有高錳酸鉀、過氧乙酸等。