消毒藥品名稱繁雜，我國專業和兼產獸用消毒藥品的廠家較多，獸藥市場銷售的消毒劑品種更是繁多。除國產制品外，還有部分進口藥品。動物消毒藥品品種多而雜，同一個功能的消毒藥品，有幾十個甚至上百個不同批準文號的產品，給用戶在使用消毒藥品的選擇上造成了一定困難。

500ml消毒劑瓶

生產廠家刻意夸大消毒效果，部分廠家為了迎合消費者消費心理、促進產品銷量，刻意的在產品外包裝說明中夸大產品的消毒效果，以點蓋面，使用絕對化語言，甚至將自己的產品說成“萬能藥”。

產品質量良莠不齊，由于相關監管體制的不完善，部分經營者利用監管機構的疏忽大意，使大量的劣質消毒藥流入獸藥市場，既破壞了原有的市場秩序，又給相關養殖單位造成了巨大的經濟損失。

同時劣質消毒藥生產者還利用獸藥銷售吃回扣的不良心理進入市場，這些受利益驅動的消毒藥價格回扣現象，給消毒藥品的管理帶來消極影響。

缺乏相關藥品的科學研究  獸用消毒藥的研究涉及消毒學、獸醫流行病學、環境衛生學和獸醫微生物學等相關方面的知識，研究起來費時費力。同時一個消毒藥的問世要經過實驗室研究、中試放大和臨床等幾個步驟，轉化為產品的周期較長。