正確的擠奶操作程序是保證乳房健康的重要手段。擠奶程序包括：頭三把奶—前藥浴—擦干—上擠奶杯—擠奶—后藥浴。

操作時應做到一牛一巾并帶乳膠手套，頭三把奶不要擠到地上，防治牛蹄污染后帶回臥床或運動場而造成病原傳播，在擠奶期間應勤洗手，尤其是被牛奶污染后，洗液內可加25~75毫克/升的碘，在任何情況下都不應對濕的乳頭擠奶。環境中的細菌懸浮在水滴中，增加了個體牛感染的危險性。一般的洗手液、海綿及破布不應避免使用，以免引起細菌污染。共用毛巾是常見導致牛與牛之間傳染乳房炎的原因，包括金黃色葡萄球菌和無乳鏈球菌。應將乳頭內的乳汁擠凈，這樣可以帶走乳頭末端和乳管中的細菌，還可以監測有無異常乳。

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擠奶前進行乳頭藥浴比較常用和有效，該方法對于降低大腸桿菌和乳房鏈球菌感染很有效。如果應用恰當，可以避免環境中的細菌對乳頭的污染。一般要求，碘的濃度在5000至7000PPM，用百分之一的碘伏藥浴對頭胎牛和二胎牛尤為有用。乳頭藥浴持續不低于30秒，然后在擠奶來前一牛一巾擦掉。

擠奶后乳頭藥浴很重要，并已證明是減少新的接觸性微生物乳腺感染的重要手段，一般要求藥浴液碘的濃度在7000至10000PPM。

擠奶順序，先擠健康牛再起病牛；健康牛中，先擠健康牛再擠泌乳早期，然后是泌乳中期和后期牛；對于患有支原體、金黃色葡萄球菌傳染性致病菌感染的臨床乳房炎奶牛，可以每頭牛擠后對奶杯進行浸泡消毒，每一批次更換藥浴液后對藥浴杯進行浸泡消毒，每一批次更換藥浴液。